Susunan Organisasi Dinas Pertanian dan Peternakan Kabupaten Berau diatur dalam Peraturan Daerah Nomor 7 Tahun 2016. Dalam Bab II Pasal 3 tersebut diatas menyebutkan bahwa perangkat Dinas Pertanian dan Peternakan Kabupaten Berau terdiri dari :
1. Kepala Dinas ;
2. Sekretariat, membawahi ;
a. Sub Bagian Penyusunan Program
b. Sub Bagian Umum dan Kepegawaian
c. Sub Bagian Keuangan dan Aset
3. Bidang Pertanian, membawahi ;
a. Seksi Produksi Tanaman Pangan dan Hortikultura;
b. Seksi Pupuk, Pestisida dan Perlindungan Tanaman;
c. Seksi Bina Usaha, Promosi dan Pemasaran Hasil Pertanian.
4. Bidang Peternakan ;
a. Seksi Perbibitan dan Produksi Ternak;
b. Seksi Pakan Ternak dan Alat Mesin Peternakan;
c. Seksi Bina Usaha, Promosi dan Pemasaran Hasil Pertanian.
5. Bidang Kesehatan Hewan dan Kesehatan Masyarakat Veteriner;
a. Seksi Perlindungan Hewan;
b. Seksi Kesehatan Masyarakat Veteriner;
c. Seksi Pelayanan Kesehatan Hewan;.
6. UPTD;
7. Kelompok Jabatan Fungsional.
